Conquistado el Cusco por los españoles en 1534, en 1539, éstos ya se habían afincado en el valle de Ilo, quizá mientras regresaban a Cusco tras la fracasada expedición a Chile por parte de Almagro. Este el caso de Mizier Francisco, arrendador de buques que alquiló uno para una nueva expedición, pero que debido a un sin número de dificultades que imposibilitaron su retorno al Cusco, tuvo que afincarse en Ilo, al igual que muchos otros que hicieron lo mismo, no sólo en el valle, sino también en los alrededores (caseríos como Pacocha, Alfaro, Platanal, San José, Jilquerito, Los Molles, Agua Buena, Concepción y Hierba Buena).

Aún cuando la creación política de la provincia de Ilo es reciente, sus orígenes se proyectan hasta más allá de la epoca actual, ya que está certificado que los primeros pobladores ileños fueron cazadores y recolectores que se ubicaron en las cercanías de la costa ileña, alrededor del año 10 mil a.C., especificamente en la zona conocida como Ring Site, en Pampa de Palo, al sur de Ilo.